Bonjour,
De quand date ce contrat ? Y a-t-il eu des congés pris par anticipation ? Ou les congés non acquis ont toujours bien été déduits ?
S'il y a vraiment 30 jours ouvrables acquis fin mai et que 18 de pris (n'y avait-il pas un férié dedans ?) donc payés en maintien de salaire, les 12 restants n'ont donc pas encore été payés.
Vous pouvez convenir de payer les congés restant au moment de l'avenant, ou des faire payer au moment de leur prise en plus de la mensualisation. Bien noter dans l'avenant quand seront payés les congés restant, et quand seront payés les prochains congés acquis fin mai 2018 (éviter le paiement par 12e).
Fin mai 2018 il faudra bien calculer les congés de juin 2017 à mai 2018 (ne pas oublier les mois avant le passage en AI).