Il ne faut pas raisonner comme pour un contrat en année complète : les congés qu'elle prend, sont déjà déduits du salaire.
Vous avez payé 10 % tous les mois depuis le début du contrat en septembre alors que les congés auraient dû être payés, au plus tôt, en juin 2018. Ce n'est pas grave : vous avez donc payé une avance sur CP.
Vous devez à présent vérifier que le calcul en maintien (la 2e méthode de calcul des cp) n'est pas plus favorable, et si besoin, lui payer la différence.
Pour cela : comptez les semaines travaillées de septembre à mai (y compris, s'il y a eu, les absences non prévues de l'enfant), divisez par 4 et multipliez par 2.5 = jours ouvrables. Si elle a des enfants de moins de 15 ans, elle a droit à 2 jours supplémentaires par enfant (sans dépasser 30 au total).
Les jours ouvrables ainsi obtenus, vous les divisez par 6 (nbre de jours ouvrables dans une semaine) et multipliez par le nombre de jours habituellement travaillés dans la semaine = jours ouvrés à payer x nbre d'h x tarif horaire.
De ce montant, vous déduisez les 10 % payés de septembre à mai, et vous lui payez la différence s'il y a.
Idem pour la période juin 2018 à la fin du préavis.
En aucun cas vous n'avez à payer des congés acquis non pris !