Vous faites erreur, en année complète, les congés ne sont pas payés tous les mois : ils sont payés à leur prise, dans la limite des congés acquis.
Donc ce qu'il faut savoir, c'est où vous en êtes au niveau des congés acquis restants. Avez-vous déduit les congés non acquis pris au début du contrat ? Ou avez-vous pris des congés par anticipation ? Reste-t-il des congés acquis non pris au 31 octobre 2016 ?
S'il reste des congés acquis non pris, donc non payés, et que vous passez en année incomplète, il faudra payer ce solde des congés en plus. Vous devez discuter avec l'employeur : soit vous faite payer ce solde de congés fin octobre, soit fin novembre, soit au moment de la prise.
Vous noterez ce qui est convenu dans l'avenant, et pensez aussi à noter la date de paiement des futurs congés (ceux acquis entre juin 2016 et mai 2017), par ex en une fois en juin, ou en une fois au moment du congé principal, soit en plusieurs fois au moment des congés. Evitez le paiement par 12e.