Bonjour,
La mensualisation année incomplète reconduite le 1er juin, est interrompue avant les 12 mois (au 31 janvier). Donc il faut calculer la régularisation éventuelle, càd comparer le salaire dû pour les semaines travaillées entre le 1er juin et le 31 janvier aux mensualisations de base payées dans cette période (sans les heures complémentaires ou les congés payés en plus). Si besoin, vous lui devez la différence.
Puis il faut voir ce qu'il reste comme congés à payer : les congés calculés fin mai 2015 ont-ils tous été payés ? Si payés en une fois en juin ou au moment du congé principal, ou en plusieurs fois au moment de la prise et tous pris, alors tout est réglé. S'il était convenu le paiement par 12e ou en plusieurs fois au moment des congés et qu'il restait des congés acquis à poser après le 31 janvier, alors vous lui devez encore les 12e de février à mai ou le solde des congés (pour le cas des congés payés en plusieurs fois au moment de la prise). Il faut discuter avec l'AM pour voir comment vous réglez ces montants (continuer à rajouter les 12e jusqu'à mai, en plus de la mensu AC ou au moment de la prise).
Fin mai il y aura bien évidemment les congés acquis entre juin 2015 et mai 2016 à calculer. Ces congés auraient été payés en maintien de salaire au moment de la prise. Il faut donc voir si l'AM prend des congés avant la fin du contrat, et combien il reste de congés acquis non pris (donc non encore payés). Puis vous aurez les congés acquis entre juin 2016 et la fin du contrat à calculer et à payer avec le dernier salaire (+ le solde des congés de l'année précédente).
Enfin il y aura l'indemnité de rupture soit 1/120e des salaires nets payés pendant toute la durée du contrat (y compris sur la régularisation et les congés).