Fin mai 2016 tu as calculé les congés acquis entre juin 2015 et mai 2016 (à prendre entre mai 2016 et avril 2017).
En juin tu as perçu 1/12e de ces congés, idem en juillet et août.
En septembre tu es passée en année complète. En année complète, les congés sont payés en maintien de salaire. Il te restait à ce moment-là 9/12e de congés à faire payer. Donc il faut déterminer à combien cela se montait. Tu as pris encore combien de congés avant mai 2017 ?
Que veux-tu dire par "calculés fin mai 2016 et payés par douzièmes jusqu'en mai 2017" ? Tu n'as pas continué à faire payer les 12e après être passée en année complète ?