Oui en année incomplète vous ne payez que le salaire des semaines d'accueil prévues, lissé sur 12 mois. Les congés ont été déduits au départ.
En juin vous n'avez payé que les congés acquis entre le début du contrat et le 31 mai, soit 20 jours.
Fin septembre vous ne payerez que les congés acquis entre juin et septembre, selon le plus favorable entre le calcul en maintien et les 10 % (n'oubliez pas, pour le calcul en maintien, de compter aussi les semaines de congés acquis pris + les semaines travaillées).
En année complète, le calcul est fait sur 52 semaines, donc les 5 semaines sont comprises, et on déduit, au moment de la prise, les congés non acquis (ou les jours si congés pris par anticipation).