Bonjour,
Vous avez raison vous allez devoir les lui payer et peut-être aussi une régul.
En année incomplète il faut raisonner en deux temps puisque le paiement des CP se fait en plus du paiement du salaire mensualisé et est dissocié de leur prise.
Il y a tout d'abord le salaire que vous avez mensualisé, il paie les heures d'accueil uniquement (puisque les semaines de congés de l'AM et les semaines d'absence programmées de l'enfant ont été déduites du calcul). Quand le contrat s'arrête il faut vérifier que toutes les heures dues ont bien été rémunérées, c'est ce qu'on appelle la régul. C'est là qu'intervient le fait que les congés aient été pris ou pas : quand le contrat s'arrête avant les congés du fait du lissage de la mensualisation toutes les heures n'ont pas été payées il y a alors une régularisation à payer à l'AM, quand le contrat s'arrête après les congés de l'AM en fonction de la date anniversaire de la mensu la régul peut parfois être nulle voire en faveur de l'AM (dans ce cas là elle n'a pas à rembourser),
Il y a ensuite l'indemnité de CP et comme vous l'avez bien supposé elle est à payer sur le salaire de juin et celui de juillet (y compris la régul éventuelle).