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je ne pense pas justement lui foutre la trouille en lui disant de ne pas ouvrir le RAR qui va lui revenir et peut servir de preuve pour prouver sa bonne foi

Vous avez fait votre devoir d'employeur en allant chez votre AM lui remettre les documents et son chèque, elle les a refusés (elle a eu tord car les accepter ne l'empêchait en rien de contester ensuite les montants et les dates) mais je ne vois pas en quoi vous pourriez être sanctionnée du retard de remise des documents.
Je ne comprends pas non plus pourquoi elle n'est pas allée chercher son recommandé.
Il y a une jurisprudence qui a indiqué que ces documents étaient quérables et non portables (donc si l'employeur informe son salarié qu'il tient les documents a disposition à l'entreprise et que celui-ci ne vient pas les chercher en temps et en heure ce qui lui porte préjudice il ne peut pas reprocher à de ne pas les avoir par exemple envoyés et lui demander des dommages et intérêts).

Envoyez lui dès demain un nouveau recommandé précisant que vos vous êtes rendus à son domicile en date du jj/mm/aaaa avec son chèque et ses papiers de fin de contrat et suite à son refus de les prendre en main propre, vous les tenez à sa disposition.
Vous la priez donc de prendre rendez-vous avec vous (donnez vos heures de disponibilités) si elle souhaite les récupérer..
Et puis ne faites plus rien. Attendez qu'elle vos contacte pour récupérer ses papiers.