Bonjour,
la CCN ne prévoit lors de la régularisation que le paiement par le PE des heures non rémunérées du fait du lissage de la rémunération, pas le contraire

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Votre salariée n'y est pour rien dans cette rupture de contrat, elle n'a pas en plus à être pénalisée financièrement.
Je vous conseille vivement de lui verser intégralement son dû (vous serez en partie remboursée par la PAJE et les impôts) plutôt que de prendre le risque que dans quelques mois elle se rende compte qu'elle a été lésée et vous demande son dû plus des pénalités auprès des prud'hommes.