Dans ce cas là tout va bien.
Vous recalculez la nouvelle mensu avec 36 heures sur 42 semaines.
Pour la régularisation la CCN ne prévoit pas de moment spécifique pour la faire (en dehors de la fin du contrat), mais quand il y a un avenant il est d'usage de la faire à ce moment là. Pour ma part je trouve plus simple, lorsqu'il n'y a pas de modification du nombre de semaines d'accueil et quand il ne s'agit pas d'un passage en périscolaire, de la faire à la date anniversaire du contrat, comme ça il s'est bien écoulé 1 an et on peut vérifier que toutes les semaines d'absence prévues au contrat ont bien été prises et il n'y a pas de modification de la date anniversaire de la mensu. Si la régularisation est en faveur du salarié elle lui reste acquise, mais si elle est en faveur de l'employeur toutes les heures qui n'ont pas été payées doivent l'être à ce moment là.
Pour la régularisation c'est simple à comprendre pourquoi elle est nécessaire.
Si on prend un contrat enseignant commencé le 1er septembre, il y a 36 semaines d'accueil payées sur 12 mois, donc 3 semaines payées chaque mois, mais en réalité (à peu de chose près) les 36 semaines se font sur 10 mois (en juillet et août pas d'école), du coup les salaires de juillet et août servent à payer des heures faites les mois précédents.
Maintenant supposons que le PE fasse un avenant au 1er juin en divisant le nombre d'heures d'accueil par 2, si on se contente de faire cela juillet et août seront des "petits" mois alors qu'ils sont sensés payer des heures faites bien avant l'avenant, donc il faut régulariser tout ça.