Bonjour,
en année incomplète il ne faut pas raisonner en jours de CP pris ou pas pris puisque le paiement des CP est dissocié de leur prise.
Il faut raisonner en deux temps :
- le salaire mensuel : il paie les heures d'accueil prévu, à chaque date anniversaire de la mensu on vérifie que l'AM a bien été payée de toutes les heures car il arrive parfois que les PE mettent leur enfant une semaine de plus que prévu initialement et le cas échéant on paie ces heures, c'est ce que l'on appelle la régularisation de salaire. En fin de contrat on vérifie que toutes les heures depuis la dernière date anniversaire ont bien été payées, si ce n'est pas le cas on paie ces heures au titre de la régul; si la rupture se fait avant les congés d'été il y a très probablement une régul à payer. n'oubliez pas de transformer cette régul en heures et en jours pour la déclaration pajemploi.
- l'indemnité de congés payés : elle se paie en plus du salaire mensuel, chaque année en juin (comme vous l'avez choisi) et en fin de contrat. Dans votre cas il y aura 29 + 3 = 32 jours à déclarer.